Six commissions épiscopales, quatre comités permanents et un conseil sont au service de la Conférence des évêques catholiques du Canada.

Les commissions et les comités se spécialisent dans une sphère de l’activité pastorale, pour guider et appuyer les évêques dans leur ministère. Sous l’impulsion du travail et de l’expertise des évêques qui en font partie et d’un secrétaire-animateur (des consulteurs et observateurs peuvent aussi se joindre aux groupes), chaque commission et chaque comité se consacre à l’étude des grandes questions de l’heure, à l’analyse des besoins pour l’Église au Canada et à la mise sur pied de projets visant à soutenir les communautés chrétiennes.

Trois des commissions sont de caractère national – formées d’évêques venant en nombre égal des Secteurs anglais et français –, tandis que les trois autres portent le nom de sectorielles en raison de l’appartenance linguistique des évêques membres. Ces dernières sont réparties également entre les Secteurs anglais et français.

Pour sa part, le Conseil autochtone catholique du Canada a été mis sur pied en 1998 par les évêques canadiens. Il vise à encourager le leadership autochtone dans la communauté chrétienne, à soutenir le processus de guérison et la réconciliation entre autochtones et non-autochtones ainsi qu’à informer les évêques du Canada sur les sujets liés aux Premières Nations. Six Autochtones provenant de toutes les grandes régions du pays y siègent ainsi que Mgr Claude Champagne, O.M.I., évêque auxiliaire à Halifax, et Mgr Murray Chatlain, évêque de Mackenzie-Fort Smith.