Six Commissions épiscopales, quatre Comités permanents et un Conseil sont au service de la Conférence des évêques catholiques du Canada.

Chaque Commission et Comité permanent est spécialisé dans un domaine pastoral, afin de guider et aider les évêques dans leur ministère. Éclairés par le travail et l’expertise des évêques qui en font partie et par un secrétaire (des consultants et observateurs peuvent aussi se joindre au groupe), chaque Commission et Comité permanent étudie les événements de l’actualité, analyse les besoins de l’Église du Canada et organise des projets destinés à soutenir les communautés catholiques.

Trois des Commissions sont nationales – composées d’évêques également répartis entre les Secteurs Français et Anglais. Les trois autres Commissions sont appelées « sectorielles » parce qu’elles sont séparées suivant la langue des évêques.

Le Conseil autochtone catholique du Canada, créé en 1998 par les évêques du Canada, encourage le « leadership » autochtone dans la communauté chrétienne, favorise la guérison et la réconciliation entre les autochtones et non autochtones, et conseille les évêques sur les questions autochtones.