La communauté catholique au Canada n’a pas de structure centrale. Chaque évêque diocésain a pleine autonomie dans son diocèse et, tout en ayant des liens avec la Conférence des évêques catholiques du Canada, il n’en dépend aucunement.

Environ 16 des 70 diocèses catholiques au Canada ont été associés aux anciens pensionnats indiens, de même qu’une trentaine de communautés religieuses catholiques. Chaque diocèse et chaque communauté religieuse portent la responsabilité légale de leurs actes.  L’Église catholique dans son ensemble, pas plus d’ailleurs que la Conférence des évêques catholiques du Canada, ne peut donc être associée au dossier des pensionnats autochtones.

Dans le mémoire présenté à la Commission royale d’enquête sur les Peuples aborigènes, en novembre 1993, la Conférence des évêques catholiques du Canada a souligné que « les révélations troublantes à l’égard de certains abus commis dans des écoles-pensionnats nous ont notamment fait faire un sérieux examen de conscience ».

Déjà en 1991, des évêques et responsables de communautés religieuses ont déclaré publiquement qu’ils « regrettaient profondément toutes les souffrances, les peines et les humiliations endurées par de nombreux aborigènes » dans les écoles-pensionnats.

Enfin, dans le passé et encore aujourd’hui, diverses instances catholiques ont posé des gestes concrets dans le but d’alléger la douleur des Peuples autochtones.  Le processus de guérison et de réconciliation suit son cours.

Voici quelques-unes des excuses qui ont été présentées au cours des années par des organismes de l’Église catholique au Canada.

• Excuses de Mgr Murray Chatlain, évêque de Mackenzie-Fort Smith, à Inuvik, dans les Territoires du Nord-Ouest, le 2 mai 2009 (en anglais seulement)
• Déclaration de la CECC sur le lancement de la Commission Vérité et  Réconciliation : une voie vers la guérison et l’espoir, le 1^er mai 2008
• Lettre publique de Mgr Gerard Pettitpas, C.Ss.R., archevêque de Grouard-McLennan, Archidiocèse de Grouard-McLennan – le 28 avril 2008 (en anglais seulement)
• Extrait de La justice comme un fleuve puissant, mémoire de la CECC présentée à la Commission royale sur les peuples autochtones, en 1995
• Homélies de Mgr Austin E. Burke, archevêque d’Halifax, 1991-1998, en l’église St. Catherine, à Mi’macq, le 6 décembre 1991, et en l’église Sacré-Cœur de la communauté mi’cmaq  de Millbrook, le 14 février 1993 (en anglais seulement)
• Société de Jésus – Père Kolvenbach, Supérieur général des Jésuites, en Idaho, le 16 mai 1993
• Les Missionnaires Oblats de Marie-Immaculée – Présentation des excuses de la  Conférence Oblate du Canada aux Premières Nations du Canada, le 24 juillet 1991
• Réunion de membres de l'Église catholique au sujet des pensionnats autochtones, Saskatoon, Saskatchewan, du 13 au 15 mars 1991